Храм возведён в XVI веке и посвящён Мироносицам – женщинам, которые пришли умастить и омыть миром распятого Иисуса Христа – Марию, Марфу, Марию Магдалину и др.

Церковь возвели в 10 году XVI века на месте сгоревшей в 08 году XVI века простой деревянной церквушки с тем же именем. До постройки этой деревянной церкви, здесь была каменная церковь 1445 года постройки и соответственно являлась более старой постройкой тех времён. Впервые же Церковь Жён-мироносиц отмечается летописью в 1299 году в числе сгоревших двенадцати церквей.

Создателем церкви Жён-мироносиц 1510 года стал Иван Сырков, являющийся родоначальником известной фамилии новгородских и московских купцов, лучшие представители которой несколько поколений упоминаются в новгородских и московских летописях XVI века.

Месторасположение Церкви Жён-мироносиц в летописных сообщениях определено как «на Ярославле дворище». Кроме того, известно, что размещалась церковь рядом с «Сырковым двориком», то есть с тем домом, где жил сам Иван Сырков. Эта была фамильная церковь семьи Сырковых, ставшая первым уникальным памятником архитектуры, который построили в Новгороде после присоединения его к Москве.